1906 m. Olimpinės žaidynės, vykusios Atėnuose, pasirodė nepaprastos, nes jos organizatoriai nesilaikė tradicinės ketverių metų pertraukos tarp žaidynių reikalavimo. Dėl šios priežasties olimpinės žaidynės net nebuvo oficialiai pripažintos Tarptautiniame olimpiniame komitete.
1906 m. Žaidynės buvo surengtos minint pirmosios olimpiados, kuri taip pat vyko Atėnuose, dešimtmetį. Norėdami dar labiau pabrėžti dviejų renginių ryšį, olimpiados organizatoriai pasirinko tą pačią varžybų schemą, kaip ir 1896 m. Daugiausia varžybos vyko Marmuro stadione.
Iš pradžių, kai buvo gautas Graikijos pasiūlymas surengti olimpines žaidynes 1906 m., TOK kategoriškai neatsisakė. Faktas yra tas, kad iki to laiko olimpinių žaidynių prestižas krito ir visuomenė nebebuvo rodžiusi buvusio susidomėjimo jomis. Norint užkirsti kelią galutiniam olimpinio judėjimo žlugimui, reikėjo imtis priemonių ir nebeliko galimybės laukti iki 1908 m. Ir nors TOK vėliau atsisako pripažinti 1906 m. Olimpines žaidynes, tai bus vadinama žaidynių išgelbėjimu, leidusiu visuomenei ir ypač sportininkams grįžti į renginį, palaikyti judėjimą ir pačią jo idėją.
Sunkumų kėlė ir tai, kad pagal tradiciją olimpinės žaidynės turėjo būti rengiamos skirtingose pasaulio šalyse, tačiau 1906 m. Renginį planuota surengti Graikijoje, o tai sukėlė TOK narių nepasitenkinimą. Vienaip ar kitaip, tačiau balandžio 22 dieną buvo surengtas iškilmingas žaidynių atidarymas. Kadangi žiniasklaida daugiausia dėmesio skyrė 1906 m. Olimpinėms žaidynėms, į Atėnus atvyko daugybė sportininkų ir svečių.
Renginyje dalyvavo apie 900 sportininkų iš 20 šalių, be to, tarp jų buvo septynios moterys. Vykdant 1906 m. Olimpines žaidynes, vyko šios sporto šakos: sunkiosios atletikos, graikų-romėnų imtynių, fechtavimo, irklavimo, buriavimo, plaukimo, nardymo, lengvosios atletikos, šaudymo iš spąstų ir kulkų, dviračių ir teniso varžybos. Deja, kadangi TOK nepripažino 1906 m. Olimpiados, visi jos dalyvių gauti apdovanojimai buvo negaliojantys ir į juos nebuvo atsižvelgta ateityje.
Olimpiados uždarymo ceremonija įvyko gegužės 2 d. Pasibaigus renginiui, jo rezultatai ilgai buvo diskutuojami skirtingose šalyse, o tai gerokai padidino visuomenės susidomėjimą žaidimais. Tai tapo ypač pastebima per 1908 m. Londono olimpines žaidynes, kuriose dalyvavo daugiau nei 2000 sportininkų.
